Acilci.net

Kitle tabanlı açık hakem değerlendirmesi ya da Önbaskı (Preprint) nedir? Nasıl yapılır?

Yazılma zamanı 13/11/2019
Haldun Akoğlu

Fizik alanında çalışanların çoğu Cornell (sonradan Los Alamos) önbaskı sunucusu kurulmadan çok önce de önbaskıları (preprint) kullanırlardı. 80’lerde partikül fiziği alanından daha yeni mezun olduğumda önbaskı kavramı oturmuş durumdaydı. Bir makaleyi hazırlarken bir de önbaskı (preprint) hazırlar, bunu bildiğimiz meslektaşlarımıza ve Dünya’daki önemli partikül fiziği merkezlerine postalardık. Konferans sunumlarımızın da önbaskılarını hazırlardık. Konferans bildiri kitaplarının hazırlanması çok uzun sürdüğünden ön çalışma sonuçlarımızı insanlara duyurmanın başka yolu yok gibiydi.

Elbette bu sürecin bazı sıkıntıları yok da değildi-aksaklıklar her daim mümkündü, ciddi emek gerektiriyordu ve biraz elitist kaçıyordu. Eğer doğru posta listesinde adınız yoksa önemli sonuçları kaçırabiliyordunuz. Ama bunu dışında verimli bir bilgi iletim ağıydı ve dergileri toplamaktan çok daha hızlıydı. arXiv önbaskı sunucusu ilk kez duyulduğunda yüksek enerji fizikçileri çoktan bu mantıktan haberdardı. arXiv sunucusu majör bir paradigma kayması değil, aslında daha hızlı, verimli ve demokratik bilgi paylaşımı anlamına geliyor. Bu yüzden de kabulü son derece hızlı ve tartışmasız oldu…

Spencer R. Klein – 10.1126/science.aar3210​1​

Önbaskı (Preprint) nedir?

Makalelerin hakemli bir dergide yayınlanması için çoğu zaman yüklendiği zamandan itibaren haftalar, aylar hatta yıllar geçmesi gerekir. Bu sürenin büyük bir kısmı hakemlerin ve editörlerin değerlendirmesinde geçerken, daha az bir kısmı makalenin yayıncı tarafından uygun yapıya dönüştürülmesinde, önemli bir kısmı da hazır makalenin bir sayıya atanarak resmen basılmasını beklerken geçer. Elektronik yayıncılığın artmasıyla beraber özellikle yayıncının hazırlık kısmı ve makalenin bir dergiye atanmasını bekleme kısımları azaldı. Artık yayıncılar yazar düzeltmelerini alıp makaleyi son haline 1-2 hafta gibi bir sürede hazır hale getirebiliyorlar. Hazır hale getirildikten sonra da “Articles In Press” – “Online First” gibi çeşitli adlar altında herhangi bir sayıya atanmadan çevrimiçi olarak yayınlıyorlar. Bu aşamadan itibaren yazılar indekslerde taranmaya ve bulunmaya başlıyor.

Ancak hakem ve editörde geçen sürede teknik imkanların artmasıyla ciddi hızlanmalar yaşandıysa da yeni imkansızlıklar sebebiyle en önemli zaman dilimi olarak kalmaya devam ediyor. Bunun en yakın örneğini geçen hafta yaşadım. Bir makalemize aldığımız gayet doğal bir red mektubunun içini incelediğimizde tam 10 ay süren ve sadece 2 hakemin 1’er cümle yazdığı (üstelik biri sadece ekte olmayan dosyaya birşeyler eklendiğinden bahsediyordu) notlarla karşılaştık. Bize ve makalemize hiçbir şey katmayan koca bir sene yitirilmişti. Dünyayı değiştirecek, çok önemli ya da eksiksiz bir makale olduğu iddiasında kesinlikle değilim. Ama tam da böyle makalelerin hakem ve editör katkısına ihtiyacı yok mu? İşte önbaskı (preprint) süreci de tam olarak bunun için var.

Önbaskının tarihçesi

Yeni bulguların hızlıca akademik çevreler ile paylaşılması ihtiyacının önbaskıları (preprint) doğurduğu söylense de aslında “önce kim buldu” konusunda bir ispat aracı olarak doğmuş olması daha muhtemel. Makalenizi hazırladığınızda bunu henüz hakem kontrolünden geçmediği haliyle insanlarla paylaşmak olarak özetleyebiliriz. Gri literatür olarak da isimlendirilen bu yayın metodu yazarların meslektaşlarından hızla geri bildirim ve eleştiri almalarını sağlayarak makaleleri bir dergiye göndermeden daha hazır hale getirmeye de yardımcı oluyor.

Aslında internet çağının başladığı 1991’den beri önbaskılar (preprint) gerçek postalar yerine e-postalar ile zaten dağıtılıyor. Bu akım, en sonunda masif büyüklükteki önbaskı veritabanlarının açılmasıyla karşı konulmaz bir hızla ilerlemeye başladı. ArXiv.org ve giderek sayıları artan kurumsal elektronik kütüphaneler (institutional repository) bu akımın öncüleri denilebilir. Aslında Amerikan Ulusal Sağlık Enstitüleri kurumu (NIH) 1960’larda biyolojik bilimlerde önbaskı kavramını başlatıp dağıtıma sokmuştu. Ancak bu Bilgi Değişim Grupları (Information Exchange Groups) 6 yıl boyunca işledikten sonra kısmen dergilerin bu kanallarda dağıtılan makaleleri baskı için kabul etmemeleri sebebiyle son bulmuştu. ​2​

Ingelfinger Kuralı

1969 yılında The New England Journal of Medicine (NEJM) dergisinin editörü Dr. Franz Ingelfinger başka dergi, medya ya da ortamda sonuçları bildirilmiş herhangi bir makaleyi basmayacağını duyurdu (Ingelfinger Kuralı). Bu kural birçok başka bilimsel dergi tarafından hızla kabul edildi ve o zamandan günümüze akademik yayıncılığı şekillendirdi. Tarihsel açıdan derginin içeriğinin güncel, yeni ve başka yerde yayınlanmamış orjinal içerikler olduğu garantisini vermeyi, ve bilimsel ambargo sistemini korumayı amaçlıyordu.​3​ Douglas Altman’ın bu konu hakkındaki muhteşem bir derlemesi aşağıdan indirebililirsiniz.

Franz Ingelfinger

Aslında Ingelfinger kuralı yazarların birden fazla kez aynı makaleyi yayınlamalarını ve makale sayılarını şişirmelerini engellemek için konulmuştu. Ama aslında asıl amaç dergilerin gelir akışını korumaktı. Bu kuralın ilk olarak 1960’da Physical Review Letters dergisinin editörü Samuel Goudsmit tarafından ortaya atıldığı ama Ingelfinger kadar ünlü olmadığını da ekleyelim.​4​

Önbaskı sunucularının sayısı ve kullanım yaygınlığı arttıkça çoğu dergi de bu konudaki kısıtlıklarını kaldırmaya başladı. Bu kuralın savunucuları ise yazarların hakem değerlendirmesinden geçmemiş bir makalenin sonuçları hakkında medyaya konuşmaktan imtina ederken şimdi artık bunu yapmayacaklarını söylüyor.

Önbaskı nasıl hazırlanır?

Önbaskı materyalinin aslında hiçbir hazırlık ön şartı yok. Bir dergiye makale hazırlar gibi hazırlanan metin direk önbaskı sunucusuna yüklenip meslektaşların değerlendirmesine açılabilir. Biraz daha okunabilirliği kolaylaştırmak için görseller ve tabloların şekle sokulması, metinde geçtiklere yere yakın konumlandırılmaları, metinde linklerin aktive edilmesi, boyutların ve satır aralarının ayarlanması gibi işlemler genellikle yapılması beklenir. Bunun bir üst seviyesi ise LaTeX adı verilen dosya işleme dilinde makaleyi hazırlayarak pdf içerisinde gerçek bir makale görünümüne kavuşturulmasıdır.

LaTeX nedir?

LaTeX, TEX dizgi programı için belge düzenleme biçimidir. LaTeX, yazıcıdan çıktısı alındığında iyi görünen belge yaratmak için kullanılan bir etiketleme dilidir. Genellikle bilimsel çalışmaların yazımı sırasında kullanılır ve bilim dünyasında neredeyse standarttır.

https://www.latex-project.org adresinden ayrıntıları öğrenebilirsiniz.

Kullanımı kolay, online ve Türkçe bir LaTeX editörü için: https://tr.overleaf.com

Önbaskı (Preprint) Sunucuları

MedRxiv – https://www.medrxiv.org

2019 Haziran ayında açılan ArXiv sisteminin medikal ilk parçası. Cold Spring Harbor Laboratory, BMJ ve Yale ortaklığı ile gerçekleştirilmiş.

Hangi makaleler MedRxiv’e yüklenebilir

Tamamlanmış ama yayınlanmamış tıbbı, klinik ve ilgili sağlık bilimleri makaleleri MedRxiv’e yüklenebilir.

  • Araştırma makaleleri, sistematik derleme ve meta-analizler, klinik araştırma dizayn protokolleri ve veri makaleleri yüklenebiliyor.
  • Vaka raporu, narrativ derlemeler, editöryaller, mektuplar, verisi olmayan hipotezler, laboratuvar protokolleri, tezler, dönem ödevleri, kitap bölümleri ya da makalelerin tablo, figür ya da veriseti gibi parçaları yayınlanamıyor.

Tüm makaleler ofansif dil ve/veya bilimsel olmayan içerik ya da materyaller yönünden basit bir tarama sürecinden geçiriliyor. Sağlık riski oluşturacak ya da plagiarism kontrolünden geçemeyen önbaskılar eleniyor. Dolayısıyla dil ve plagiarism kontrolleri önden yapılmak durumunda.

preprint server medrxiv
preprint server medrxiv

Bir makale dergiye gönderilmeden önce ya da bir dergiye gönderilmiş ama henüz kabul edilmediyse MedRxiv’e yüklenebiliyor. Yayınlanmak için kabul edilmiş makaleler, yayınlanan makaleler ya da başka bir medyada paylaşılan içerikler MedRxiv’de yayınlanmıyor. Başka bir önbaskı sunucusundaki materyalin burada yeniden yayınlanması de gereksiz görüldüğünden kabul edilmiyor. BioRxiv ile ortak sistem olduğundan ikisine de başvuru olması halinde makaleler reddediliyor.

MedRxiv’de yayınlanan makalelere bir digital object identifier (DOI) numarası veriliyor. Böylece bulunabiliyor, atıf alabiliyor ve arama motorlarında indeksleniyorlar.

Yükleme sonrasında her şey yerli yerindeyse 3 iş günü içince yayınlama gerçekleşiyor. Bu süreçler tamamen ücretsiz ve herhangi bir ücret alınmıyor.

Revizyonlar

Yazarlar istedikleri zaman (ama makele bir dergide kabul edilmeden önce) revize edilmiş makaleyi medRxiv’e yükleyip sürüm güncellemesi yapabiliyor. Ancak bazı dergiler, kendi hakemleri tarafından önerilen değişikliklere yanıt olarak hazırlanan sürümün yüklenmesini istemiyor.

Klinik araştırmaların MedRxiv’e yüklenmesi

Klinik araştırmalar ve diğer prospektif girişimsel çalışmalar da medRxiv içinde önbaskı ile paylaşılabiliyor. Ama bazı kurallar burada da geçerli:

  • Geleneksel makale yapısında olmalı,
  • İngilizce olmalı,
  • Araştırma veritabanlarından birine kaydedilmiş olmalı ve kayıt numarası olmalı (clinicaltrials.gov vb gibi)
    • Tüm prospektif girişimsel çalışmalar için kayıt edilmiş olma zorunluluğu var. Retrospektif kayıt (bunun belirtilmesi kaydıyla) kabul ediliyor.
  • Etik kurul ve Kurumsal Kontrol Komitesi (IRB) onayı olmalı.
Klinik araştırma protokollerinin yayınlanması

Tam bir makale yapısında yazılmış olan (Giriş, Metod, Tartışma) klinik araştırma dizayn protokolleri yayınlanabiliyor.

Makale bir dergide yayınlandığı zaman

Bir makale yayınlandığında medRxiv, kendisindeki önbaskı sayfasına 2 hafta içinde otomatik olarak basılı makaleye bir link ekliyor. Yazara bu linki onaylaması için de bir mail gönderiliyor. Ama bazen yazar adı değişikliği gibi sebeplerle eşleştirme yapılamadığı da olabiliyor. Bu durumda mail ile görüşme yapıp bildirim yapılması zorunlu.

M2J sistemi ile MedRxiv’den direk makale kabul eden dergiler

Aşağıdaki dergiler MedRxiv veritabanından makalenin direk kendi sistemlerine aktarılmasına izin veriyor. Buna M2J sistemi adı veriliyor.

  • BMJ Open
  • Cells Tissues Organs
  • Developmental Neuroscience
  • EMBO Molecular Medicine
  • Endocrinology
  • Genetics in Medicine
  • Human Heredity
  • Intervirology
  • JCO Clinical Cancer Informatics
  • JCO Precision Oncology
  • The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism
  • Journal of the Endocrine Society
  • Journal of Experimental Medicine
  • Journal of Innate Immunity
  • Life Science Alliance
  • Microbial Physiology
  • PLOS Medicine
  • PLOS Neglected Tropical Diseases
  • PLOS One
  • StemJournal

Diğer önbaskı sunucuları

Open Science Framework (osf.io)

Aşağıdaki sunucuların hepsi OSF sistemince tanınıyor ve listeleniyor. Yanlarında şu an itibariyle Acil Tıp ve Kritik Bakım alanlarını kapsayan makalelerin dağılımını da ekledim.

  • AfricArXiv (79)
  • AgriXiv (246)
  • Arabixiv (378)
  • arXiv (1,317,818)
  • bioRxiv (31,502)
  • BodoArXiv (37)
  • Cogprints (285)
  • EarthArXiv (1,111)
  • EcoEvoRxiv (134)
  • ECSarXiv (91)
  • EdArXiv (89)
  • engrXiv (733)
  • FocUS Archive (42)
  • Frenxiv (71)
  • INA-Rxiv (11,774)
  • IndiaRxiv (61)
  • LawArXiv (1,168)
  • LIS Scholarship Archive (246)
  • MarXiv (425)
  • MediArXiv (69)
  • MetaArXiv (77)
  • MindRxiv (181)
  • NutriXiv (49)
  • PaleorXiv (153)
  • PeerJ (3,626) – peerj.com
  • Preprints.org (8,603)
  • PsyArXiv (6,609)
  • RePEc (799,615)
  • SocArXiv (4,480)
  • SportRxiv (143)
  • Thesis Commons (637)

Önbaskı sunucu haberleri

  • Ocak 2017: Medical Research Council Nisan 2017’den itibaren önbaskıları destekleyeceklerini açıkladı.
  • Ocak 2017: Wellcome Trust bütçe destek başvurularında önbaskıları kabul edeceklerini bildirdi.
  • Şubat 2017: National Institutes of Health, Medical Research Council ve Wellcome Trust’ın da içinde olduğu bir koalisyon merkezi bir yaşam bilimleri önbaskı sunucusu kurmaya karar verdi.
  • Şubat 2017: SciELO önbaskı sunucusu açacağını duyurdu – SciELO Preprints.
  • Mart 2017: National Institutes for Health araştırmaların önbaskı olarak sunulmasını destekleyen bir karar aldı.
  • Nisan 2017: Center for Open Science 6 yeni önbaskı sunucusu açacağını duyurdu.

Önbaskı sunucu listeleri – Google Sheets dökümanı

Kaynakça

  1. 1.
    Klein SR. On the origin of preprints. Sills J, ed. Science. November 2017:602.2-602. doi:10.1126/science.aar3210
  2. 2.
    Cobb M. The prehistory of biology preprints: A forgotten experiment from the 1960s. PLoS Biol. November 2017:e2003995. doi:10.1371/journal.pbio.2003995
  3. 3.
    Altman LK. The Ingelfinger rule, embargoes, and journal peer review-part 1. The Lancet. May 1996:1382-1386. doi:10.1016/s0140-6736(96)91016-8
  4. 4.